Это полностью готовая система визуализации молекул (молекулярной визуализации) для использования в структурной биологии.
Позволяет создавать высококачественные трёхмерные изображения как малых молекул, так и биологических макромолекул, в первую очередь белков.
Примерно четверть всех публикуемых в научной литературе изображений структур белков сделана с помощью PyMOL.
Особенности:
- Визуализация молекул, молекулярных траекторий и поверхностей кристаллографических данных или орбиталей;
- Конструктор и скульптор молекул;
- Внутренний трассировщик лучей и генератор видеороликов;
- Полная расширяемость и возможность написания сценариев через интерфейс Python.
PyMOL может читать такие форматы файлов, как PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, карты CCP4, карты XPLOR и карты куба Гаусса.