Це повністю готова система візуалізації молекул (молекулярної візуалізації) для використання в структурній біології.
Дозволяє створювати високоякісні тривимірні зображення як малих молекул, так і біологічних макромолекул, насамперед білків.
Приблизно чверть усіх зображень структур білків, що публікуються в науковій літературі, зроблено за допомогою PyMOL.
Можливості включають:
- Візуалізація молекул, молекулярних траєкторій і поверхонь кристалографічних даних або орбіталей;
- Молекулярний конструктор і скульптор;
- Внутрішній трасувальник променів і генератор відеороликів;
- Повністю розширюваний та скриптований через інтерфейс Python.
Файли, які може читати PyMOL, включають PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, карти CCP4, карти XPLOR і карти куба Гаусса.